عملية هضم البروتينات تحدث في الجهاز الهضمي، وتبدأ في المعدة. البروتينات هي سلاسل طويلة من الأحماض الأمينية، والهدف من عملية الهضم هو تفكيك هذه السلاسل لتصبح أحماض أمينية فردية التي يمكن امتصاصها بشكل أفضل في الأمعاء.
عندما يتم تناول الطعام، يتم إرسال إشارات إلى المعدة لتحريك عضلاتها وإفراز الأحماض المعديّة والإنزيمات الهاضمة. الأحماض المعديّة تساعد في تفتيت البروتينات، وتفعل الإنزيمات الهاضمة مثل الببسين والبيبتيداز في تحطيم الروابط بين الأحماض الأمينية.
ثم، يتم نقل الطعام المهضوم إلى الأمعاء الدقيقة، حيث يستمر هناك عمل الإنزيمات الهاضمة، ويتم امتصاص الأحماض الأمينية المفككة في جدار الأمعاء ونقلها إلى الدورة الدموية لتوزيعها إلى باقي أجزاء الجسم واستخدامها في عمليات النمو والإصلاح.